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选择性扫描和GWAS为青杨叶片适应性变异提供见解（图）
选择性扫描 GWAS 青杨叶片 适应性变异
2024/5/11
叶片大小和形状在林木生长发育的各个阶段起着举足轻重的作用，对于林木的生产力预测和环境适应性评估方面具有重要参考作用，深入了解叶片变异背后的遗传机制具有重要意义。青杨是我国乡土树种，生长迅速，生境复杂多样，其叶片性状展现出丰富的遗传变异。然而，目前尚未有研究系统揭示青杨叶片遗传基础，控制叶片性状变异的候选基因有待深入挖掘。
近日，西北农林科技大学农学院宋卫宁/聂小军课题组在《New Phytologist》上发表题为“Combined GWAS and eGWAS reveals the genetic basis underlying drought tolerance in emmer wheat ( Triticum turgidum L.)”的研究论文。西北农林科技大学农学院聂小军教授、邓平川副研...
基因组序列变异与表型关联知识，主要是通过全基因组关联分析(GWAS)，在全基因组范围内鉴定与特定疾病或表型性状等相关联的遗传变异位点，是挖掘和揭示生物复杂性状分子遗传机制的重要资源。
Semi-parallel Logistic Regression for GWAS on Encrypted Data
Homomorphic encryption Genome-wide association studies Logistic regression
2019/3/21
The sharing of biomedical data is crucial to enable scientific discoveries across institutions and improve health care. For example, genome-wide association studies (GWAS) based on a large number of s...
Achieving GWAS with Homomorphic Encryption
GWAS Homomorphic Encryption Logistic Regression
2019/2/26
One way of investigating how genes affect human traits would be with a genome-wide association study (GWAS). Genetic markers, known as single-nucleotide polymorphism (SNP), are used in GWAS. This rais...
Privacy-preserving Approximate GWAS computation based on Homomorphic Encryption
homomorphic encryption GWAS Fisher scoring
2019/2/25
One of three tasks in a secure genome analysis competition called IDASH 2018 was to develop a solution for privacy-preserving GWAS computation based on homomorphic encryption. The scenario is that a d...
海南大学代谢生物学实验室发表植物代谢GWAS综述（图）
海南大学 代谢生物学 实验室 植物代谢GWAS
2019/1/31
近日，海南大学热带农林学院代谢生物学团队在国际知名学术期刊 Plant Journal发表了题为 Metabolic GWAS‐based dissection of genetic bases underlying the diversity of plant metabolism的综述论文。植物是人类能量和营养所需代谢物、疾病治疗所需生物原料的重要来源。植物产生的大量代谢物，在群体和个体水平上...
近日，海南大学热带农林学院代谢生物学团队在国际知名学术期刊 Plant Journal发表了题为 Metabolic GWAS‐based dissection of genetic bases underlying the diversity of plant metabolism的综述论文。
神经母细胞瘤的GWAS多中心研究经验及临床开展过程中的困境
神经母细胞瘤 多中心研究 经验 困境
2020/10/21
神经母细胞瘤作为一种儿童最常见的颅外实体肿瘤，其多中心研究在国外已取得丰硕成果，与此同时我国神经母细胞瘤的多中心研究也已经完成了初步建立的过程。本文将对神经母细胞瘤多中心研究开展过程中的经验和困境进行介绍，为儿童疾病多中心研究模式的建立提供参考依据。
从全基因组关联研究（GWAS）发现的与2型糖尿病（T2DM）发病风险相关的单核苷酸基因多态性（SNP）位点中，筛选出可用于预测妊娠期糖尿病（GDM）女性产后出现T2DM的SNP。 方法 利用2009 — 2010年天津市妊娠期糖尿病随机干预试验研究基线收集的1 240名GDM女性（80名T2DM和1 160名非T2DM）血样，检测并分析40个GWAS发现的与T2DM发病相关的SNP位点。基于单个...
全基因组关联分析(GWAS)鉴别猪腹股沟/阴囊疝易感基因
猪 腹股沟/阴囊疝 全基因组关联分析 易感基因座位
2014/12/26
旨在鉴别猪腹股沟/阴囊疝的易感基因并探寻其发病机理，本研究对源于纯种长白和大白2个西方商业猪种220个腹股沟/阴囊疝三联体核心家系群(包含237个患病个体)的734个样本，利用Illumina 猪 60K SNP芯片进行扫描和基因分型，通过基于SNP的病例-对照全基因组关联分析，结果发现，在SSC1上19.31～19.59 Mb区域内的4个SNPs标记以及SSC7上17.05 Mb处有1个SNP标...
本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果，在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9（TRAPPC9）基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点，结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点，进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性。结果发现，SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著（P<0.05）；SNP3位...
Narrowing the gap on heritability of common disease by direct estimation in case-control GWAS
Narrowing the gap heritability common disease direct estimation case-control GWAS
2013/6/17
One of the major developments in recent years in the search for missing heritability of human phenotypes is the adoption of linear mixed-effects models (LMMs) to estimate heritability due to genetic v...
A Penalized Multi-trait Mixed Model for Association Mapping in Pedigree-based GWAS
Multivariate linear mixed model Penalization approach Feature selection 1 arXiv:1305.4413v1 [stat.ME] 19 May 2013 GWAS
2013/6/14
In genome-wide association studies (GWAS), penalization is an important approach for identifying genetic markers associated with trait while mixed model is successful in accounting for a complicated d...
From GWAS to transcriptomics in prospective cancer design - new statistical challenges
Post -GWAS Transcriptomics Nested case -control Functional changes Biomarkers
2013/4/27
Background. With the increasing interest in post-GWAS research which represents a transition from genome-wide association discovery to analysis of functional mechanisms, attention has been lately focu...